当工程款被多付时，可以采取以下步骤处理：
协商处理
当事人可以首先进行协商，尝试达成协议，由承包人返还多付的款项。
法律途径
如果协商无果，发包人可以向人民法院提起诉讼，请求判令承包人返还多付的工程款。在此过程中，发包人需要提供相关证据，如合同、支付凭证、发票、收据、工程进度报告、验收单、通讯记录和证人证言等，以证明多付款项的存在和承包人没有合法依据获得额外款项。
不当得利
根据《中华人民共和国民法典》第九百八十五条和第九百八十七条，承包人如果无合法依据获得额外款项，构成不当得利，发包人有权要求其返还多付的工程款，并可能依法赔偿损失。
其他注意事项
如果承包人出于道德义务、债务提前清偿或知情下的清偿，则不适用返还要求。
对于实际施工人，如果无法从转包人或分包人处获得应得的工程款，还可以直接向发包人提起诉讼，行使代位权。
建议
及时行动：一旦发现工程款多付，应尽快与承包人联系并协商解决问题，避免延误。
收集证据：妥善保存所有相关证据，以便在诉讼过程中使用。
寻求专业帮助：如果协商或诉讼过程中遇到困难，可以咨询专业律师，获取法律帮助。
通过以上步骤，发包人可以有效处理工程款多付的问题，维护自身合法权益。
