耕地上建房的问题，根据《中华人民共和国土地管理法》和相关规定，通常由以下部门负责查处和管理：
1. 自然资源部门：负责全国耕地保护的责任，确保耕地保有量和基本农田面积不减少。对于非农村村民占用耕地建房的行为，应由自然资源部门查处。
2. 农业农村部门：根据《土地管理法》第六十二条和第六十七条的规定，农业农村部门负责全国农村宅基地改革和管理有关工作，对违反农村宅基地管理法律、法规的行为进行监督检查。对于农村村民占用宅基地建房的行为，应由农业农村部门管理和查处。
3. 乡镇人民政府：在具体执行上，乡、镇人民政府也可以实施行政处罚。
4. 城乡规划主管部门：在有关责令停止建设或者限期拆除的决定后，如当事人不停止建设或者逾期不拆除，县级以上地方人民政府可以责成有关部门采取查封施工现场、强制拆除等措施。
如果发现耕地上存在违法建房行为，可以向当地政府或上级政府的土地管理部门投诉，或者拨打国土资源部门的违法举报电话进行举报。
请根据具体情况选择合适的部门进行投诉或举报
