处理公司车辆扣分的方法如下：
现场处理
违章驾驶人员需要携带公司车辆的行驶证、自己的驾驶证以及身份证，前往当地车管所的违章处理窗口进行办理。在那里，领取号码并排队等待处理。接下来，提交所需的相关资料，并签认处罚决定书。最后，在处罚决定书规定的十五天期限内，完成罚款的缴纳即可。
非现场处理
通过交管12123APP处理：首先下载并登录交管12123APP，登录账号为身份证号，密码通常是身份证后六位，也可以通过手机验证进行密码修改。接着在APP主界面选择“违法处理”功能，初次使用需先绑定机动车，然后查询违章记录。选择需要处理的违章记录后，点击“处理并缴款”按钮。最后选择支付方式完成罚款支付即可。
公司内部处理
公司车辆违章，需要由实际违章的员工去车管所处理，带上驾驶证及身份证，缴纳罚款办理扣分手续。公司车辆违章要由违章人员携带行驶证原件、驾驶证原件、身份证原件前往公安机动交通管理部门处理，处理完毕后前往银行缴纳罚款。
责任明确
违章行为的直接责任人应承担起责任。具体做法是驾驶该车辆的驾驶员需携带驾驶证和行驶证前往违章地的交警队，亲自处理相关事宜。违章罚款通常是个人承担的费用，因此驾驶员必须自行承担扣分带来的后果。然而，在极少数情况下，如公司领导强制要求违章行驶，而驾驶员无法阻止，导致的罚款可能需要由公司或相关领导承担部分责任。
建议
及时缴纳罚款：为了避免因未按时缴纳罚款而产生滞纳金，建议公司违章人员及时缴纳罚款。
明确责任：在处理公司车辆违章时，应明确责任归属，确保违章驾驶员承担主要责任，并在特殊情况下公司可能需承担部分赔偿责任。
使用APP处理：推荐使用交管12123APP进行违章处理，方便快捷，可以随时随地处理违章记录。
