三证合一后，企业报税流程如下：
办理三证合一
先去政务大厅办理三证合一。
再去地税办理地税登记，之后去所属分局大厅登记。
最后去国税局大厅及所属地税分局大厅登记。如果属于一般纳税人，应在国税登记前将开回的专用发票及开出的专用发票都进行认证，避免登记后因税号不同造成不能认证的麻烦。
重新办理三方协议
重新办理国税、地税三方协议。
开票系统重新发行
开票系统需要重新发行。
刻发票专用章
重新刻制发票专用章。
税务申报流程
纳税登记：企业在领取营业执照后30天内，带上相关证件和材料去税局办理税务登记，税局收到材料后30天内审核并发给企业税务登记证。
税务认定：确认纳税人是一般纳税人还是小规模纳税人，以及征收税款的方式（查账征收、核定征收或代扣代缴等），这是单位和税局共同决定的。
报税方式：一般分上门申报和网上申报两种，企业可以选择适合自己的方式进行报税。
完税证明：企业成功纳税后，可以在税务大厅收到完税凭证，如果选择网上报税，可以去税务机关要求提取完税证明。
后续操作
纳税人需要定期进行发票结存数量的查询和手工验旧（如无法自动验旧）。
持税控设备到办税服务厅进行非征期报税和金税注销窗口注销税控设备。
到税务登记窗口办理三证合一变更手续。
到一般纳税人资格登记岗办理金税档案维护。
注意事项
企业在进行三证合一后，需要及时进行税务登记，确保税务登记信息与工商登记信息一致。
纳税申报需要按照税务部门规定的时间节点进行，准备好相关财务报表和税务资料，如增值税发票、进项发票等。
建议企业在办理三证合一后，及时与当地税务部门联系，确认具体的报税流程和所需材料，以确保报税过程顺畅。
